프로티나

• 핵심 비즈니스는 독자 개발한 SPID™ 플랫폼(Pi-Chip, Pi-View, Pi-Insight)을 통해 신약 개발 전 주기에 걸친 솔루션을 제공하는 것이다. 글로벌 제약사 및 바이오텍을 대상으로 임상용 바이오마커를 개발하는 'PPI PathFinder™'와 항체-항원 빅데이터를 생성 및 분석하여 신약 후보물질을 최적화하는 'PPI Landscape™' 두 가지 상용화된 서비스를 주력으로 삼고 있다.

• 단기적으로는 SPID™ 플랫폼 시스템 장비와 소모품 판매, 그리고 두 핵심 솔루션을 통한 분석 서비스 및 기술 이전을 통해 수익을 창출한다. 특히 글로벌 제약사들과의 계약을 통해 임상 단계별 솔루션을 공급하며 안정적인 매출을 확보하고 있으며, 2025년 매출액은 약 29억 원을 기록했다.

• 중장기적으로는 축적된 방대한 PPI 빅데이터와 인공지능(AI) 기술을 결합하여 자체적으로 신약 후보물질을 발굴하고, 공동 개발 또는 기술이전을 통해 선급금(Upfront), 마일스톤, 로열티를 수취하는 모델로 진화하는 것을 목표로 한다. 이를 위해 서울대 연구팀과 협력하여 AI 항체 신약 개발 플랫폼을 구축 중이다.

• AI를 활용한 신약 개발 경쟁이 치열해지면서, AI 모델 학습에 필수적인 고품질의 실험 데이터 수요가 폭발적으로 증가하고 있다. 그러나 AI가 설계한 수많은 신약 후보 물질의 실제 효능을 검증하는 실험(Wet-lab) 단계에서 병목 현상이 발생하며, 이 간극을 메우는 기술의 중요성이 부각되고 있다.

• 프로티나의 SPID™ 플랫폼은 기존 기술 대비 압도적인 속도와 효율성으로 단백질 상호작용 데이터를 대량 생산하며 AI 신약 개발의 핵심 인프라 역할을 수행한다. 경쟁사들이 수십 명의 연구자가 몇 주에 걸쳐 분석할 데이터를 소수의 인력으로 수일 내에 처리 가능해, AI 모델의 학습과 검증 속도를 획기적으로 높일 수 있다.

• 글로벌 빅파마들은 신약 개발 기간과 비용을 단축하기 위해 AI 플랫폼 기술에 대한 투자를 확대하고 있으며, 이는 프로티나와 같은 독보적인 데이터 생성 기술을 보유한 기업에 큰 기회 요인으로 작용한다. 특히 미국 FDA가 약물의 최적 용량 설정을 의무화하는 '프로젝트 옵티머스'는 프로티나 기술의 활용 가치를 더욱 높이고 있다.

프로티나의 모든 비즈니스는 'SPID(Single-molecule Protein Interaction Detection)'라는 단일 플랫폼에서 나온다고 해도 과언이 아니다. 이는 단백질 사이의 밀고 당기는 관계를 분자 하나하나 수준에서 직접 눈으로 확인하고 정량화하는 기술로, 기존 방식들이 단백질을 정제하는 복잡한 과정을 거쳐야 했던 것과 달리, 피 한 방울 같은 비정제 시료에서도 바로 분석이 가능하다. 이 차이 하나만으로 분석에 필요한 시료 양을 100만 배나 줄이고, 분석 속도는 10배 이상 끌어올리는, 그야말로 '사기캐'에 가까운 효율을 자랑한다.

전통적인 방식으로는 숙련된 연구자 100명이 2주 동안 겨우 500개의 변이체 데이터를 만드는 반면, SPID 플랫폼은 단 3명의 연구자가 일주일 만에 5000개의 데이터를 생성해낸다. 이 압도적인 '데이터 공장' 덕분에 AI 신약 개발의 가장 큰 골칫거리였던 데이터 부족 문제를 정면으로 돌파하고 있다. 수많은 AI 기업이 그럴듯한 서열을 생성해도 실제로는 기능이 없는 '꽝'을 대량 생산하는 문제를 겪는 동안, 프로티나는 진짜배기 데이터를 쏟아내며 AI의 눈을 뜨게 하고 있는 셈이다.

프로티나의 창업자는 현재 서울대학교 생명과학부 교수로 재직 중인 윤태영 대표다. 그는 KAIST 교수 시절이던 2007년부터 단분자 생물물리 기법을 이용한 PPI 연구에 매달렸고, 여기서 개발한 핵심 기술을 가지고 2015년 직접 회사를 차렸다. 그가 10년 넘게 한 우물을 판 결과물이 바로 SPID 플랫폼이며, 이 기술 하나로 글로벌 제약사들의 러브콜을 받는 기업을 일궈냈다.

그의 뚝심과 기술력은 투자 시장에서도 인정받아, 창업 이후 LB인베스트먼트, 미래에셋벤처투자 등 유수의 기관으로부터 꾸준히 투자를 유치했으며, 2025년 7월 성공적으로 코스닥에 상장하기까지 총 414억 원의 누적 투자금을 확보했다. 그는 단순히 기술 개발에만 머무르지 않고, AI 항체은행 구축 국책과제에 참여하고 삼성바이오에피스와 공동 연구를 진행하는 등 기술을 사업화하고 실질적인 성과를 만들어내는 데에도 수완을 보이고 있다.

• [기대] 단백질-단백질 상호작용(PPI) 분석을 위한 SPID 플랫폼 기술을 기반으로 글로벌 제약사들과 협력하며 신약 개발의 핵심 파트너로 부상하고 있으며, 이를 통해 안정적인 매출 성장이 기대된다. 특히, 기존 기술 대비 월등한 데이터 생산 능력과 효율성을 바탕으로 AI 신약 개발의 병목 현상을 해결할 수 있는 잠재력을 높게 평가받고 있다.

• [기대] AI 기반 항체 설계 플랫폼 'PPI 랜드스케이프'를 통해 기존 의약품을 개량한 바이오베터 개발에 뛰어들었으며, 이는 신약 개발의 시간과 비용을 획기적으로 단축시킬 수 있는 게임 체인저로 여겨진다. 정부의 대규모 국책과제에 선정되고 삼성바이오에피스와 같은 대기업과 협력 관계를 구축한 점도 미래 성장성에 대한 신뢰를 더하는 요소다.

• [우려] 기술특례로 상장한 바이오 기업의 특성상 아직은 영업이익 적자 상태에 머물러 있으며, 2027년경 흑자 전환을 예상하고 있어 단기적인 재무 안정성에 대한 우려가 존재한다. 또한, 상장 후 보호예수 물량 출회에 따른 주가 변동성(오버행) 리스크도 잠재적인 부담 요인으로 꼽힌다.

2025년 4분기

• 4분기에는 주요 파이프라인 중 하나인 PTN-101의 임상 2b상 결과 발표가 예정되어 있어, 그 결과에 따라 주가 향방이 결정될 중요한 변곡점이 될 것으로 보인다.

• 연말까지 다수의 글로벌 제약사와의 추가 계약 체결이 순차적으로 마무리될 것으로 예상되며, 이는 4분기 실적과 향후 매출 전망에 긍정적인 영향을 미칠 것으로 기대된다.

• 서울대학교와 공동 개발한 AI 항체 디자인 플랫폼의 상용화가 내년부터 본격화될 예정으로, 4분기에는 이에 대한 구체적인 사업 계획과 비전이 제시될 가능성이 있다.

2025년 3분기

• 9월 17일, 약 11억 7천만 원 규모의 임상검체 분석 서비스 공급 계약을 체결했다고 공시했으며, 이는 최근 매출액의 51.06%에 해당하는 규모다.

• 글로벌 투자은행 JP모건이 9월 초 프로티나 지분 5.16%를 신규 취득했다고 공시하며 주요 주주로 등극했으나, 며칠 만에 일부 차익 실현에 나서면서 주가에 단기적인 변동성을 야기했다.

• 다국적 제약사와의 12억 원 규모 공급 계약 체결 소식이 알려진 후 주가가 강세를 보였으며, 이를 통해 회사의 기술력과 사업 모델에 대한 시장의 신뢰가 재확인되었다.

2025년 2분기

• 2분기 매출액은 전년 동기 대비 23% 증가했으며, 영업손실은 7% 감소하며 실적 개선의 흐름을 보였다.

• 코스닥 시장 상장 예비심사를 통과하고 7월 29일 성공적으로 코스닥 시장에 상장했으며, 상장 첫날 공모가(14,000원) 대비 40% 이상 주가가 급등하며 시장의 높은 관심을 받았다.

• 6월, 코스닥 기술특례상장을 위한 기술성 평가에서 A, BBB 등급을 획득하며 기술력과 성장 잠재력을 공식적으로 인정받았다.

2025년 1분기

• 1분기에 이미 전년도 전체 매출의 절반에 가까운 10억 6,185만 원의 매출을 달성하며 가파른 성장세를 입증했다.

• 과학기술정보통신부가 주관하는 '클라우드 인공지능 항체은행 구축' 국책과제에 서울대 연구팀과 컨소시엄으로 선정되어, 2026년까지 3년간 총 150억 원의 연구비를 지원받게 되었다.

• 美·EU 바이오텍과 연간 150억 원 규모의 CDMO(위탁개발생산) 수출 계약을 체결하고, 항암 파이프라인 PTN-101의 임상 2a상에서 긍정적인 결과를 공개하는 등 활발한 사업 성과를 보였다.

최근 주주 구성

• 윤태영 (21.2%) 프로티나의 창업자이자 대표이사. KAIST 교원 창업을 통해 회사를 설립했으며, 단백질 분석 분야의 전문가로 회사의 핵심 기술 개발을 이끌고 있다.

• 투자조합 및 집합투자기구 (64.8%) 스틱벤처스, 미래에셋캐피탈 등 다수의 벤처캐피탈 및 기관 투자자들이 프리IPO 단계부터 참여하여 주요 주주로 구성되어 있다.

• JP모건자산운용 (5.16%) 2025년 9월, 장내 매수를 통해 5% 이상 지분을 확보하며 주요 주주 명부에 이름을 올린 글로벌 투자은행.

지분 변동 히스토리

• 2023년 10월, 약 200억 원 규모의 프리IPO 투자 유치를 성공적으로 마무리하며 기술특례상장을 위한 발판을 마련했다.

• 2024년 12월, 코스닥 상장을 위한 예비심사를 청구했으며, 당시 최대주주인 윤태영 대표의 지분율은 21.2%였다.

• 2025년 9월, 글로벌 투자은행인 JP모건자산운용이 장내에서 주식을 매수하여 5.16%의 지분을 확보했으나, 단기간에 일부 지분을 매도하며 차익 실현에 나섰다.

프로티나는 현재 직접적으로 지배하며 경영하는 주요 계열사를 두고 있지 않다. 회사의 사업 모델은 자체 개발한 SPID 플랫폼 기술을 기반으로 국내외 제약사 및 연구기관과 파트너십을 맺고 공동 연구, 기술이전, 서비스 제공 등을 통해 수익을 창출하는 것에 집중되어 있다.

• 삼성바이오에피스 정부 국책과제에 공동으로 참여하는 등 긴밀한 협력 관계를 구축하고 있다. 프로티나의 AI 기반 항체 설계 및 검증 플랫폼과 삼성바이오에피스의 신약 개발 및 임상 역량이 결합된 시너지가 기대된다.

• 글로벌 빅파마 다수의 다국적 제약사(4곳 이상)와 비밀유지계약 하에 임상 샘플 분석 및 PPI 데이터 분석 계약을 체결하고 신약 개발 파트너로서 협력하고 있다. 이는 프로티나의 기술력이 글로벌 시장에서 인정받고 있음을 보여주는 사례다.

• 서울대학교 창업자인 윤태영 대표가 교수로 재직 중이며, AI 항체 설계 플랫폼(AbGPT-3D) 공동 개발, 국책과제 공동 수행 등 산학협력의 대표적인 성공 모델을 만들어가고 있다.

• 제너레이트 바이오메디슨 (Generate Biomedicines) 항체 설계 및 개발 분야에서 경쟁 관계로 언급된다. 프로티나는 로봇 자동화 분석 시스템을 통해 제너레이트 대비 5배 이상 빠른 데이터 분석 속도를 경쟁 우위로 내세우고 있다.

• 2026.01.26 삼성바이오에피스와의 협력을 통해 AI 신약개발 회사로의 도약을 가속화하고 있으며, 핵심 기술인 SPID 플랫폼의 속도 경쟁력이 다시 한번 부각되었다.

• 2025.11.18 정부와 삼성이 기술력을 인정한 AI 신약개발사로 주목받으며, 기존의 기술적 한계를 극복할 새로운 파이프라인 구축에 대한 기대감이 높아졌다.

• 2025.10.13 대형 임상검체 분석 계약 공시와 함께 JP모건의 지분 확보 소식이 전해지며 주가가 급등하는 등 시장의 높은 관심을 받았다.

• 2025.09.11 주요 주주로 등극했던 JP모건이 일부 지분을 단기간에 매도하며 차익 실현에 나서자 주가가 일시적으로 하락했다.

• 2025.07.29 코스닥 시장에 성공적으로 신규 상장하며 본격적인 성장 궤도에 진입했다.

• 2025.06.12 한국거래소가 지정한 전문평가기관 두 곳으로부터 각각 'A', 'BBB' 등급을 받아 기술성 평가를 통과했다.

• 2024.12.10 코스닥 기술특례상장을 위해 상장예비심사를 청구하며 본격적인 IPO 절차에 돌입했다.