1.기업 및 종목 개요
1941년 창업자 이종근이 '궁본약방'으로 시작한 대한민국 대표 제약사로, 현재는 전문의약품을 중심으로 신약, 개량신약, 제네릭 등을 아우르는 광범위한 포트폴리오를 구축함. '인류 건강에 기여한다'는 이념 아래 항암제 '캄토벨', 당뇨병 치료제 '듀비에' 등 자체 신약 개발에 성공하며 R&D 역량을 입증했음.
2013년 지주회사 체제로 전환하며 투자사업 부문(종근당홀딩스)과 의약품사업 부문(종근당)으로 인적 분할하여 전문성을 강화했으며, 현재 유가증권시장에 상장(종목코드 185750)되어 있음. 꾸준한 연구개발 투자와 글로벌 파트너십을 통해 혁신 신약 개발사로의 전환을 가속화하고 있다.
2.비즈니스 모델
강력한 영업력을 바탕으로 다국적 제약사의 블록버스터 약물을 도입하여 판매하는 상품 매출과 자체 개발한 의약품 매출이 안정적인 캐시카우 역할을 수행함. 화이자, 바이엘, MSD 등 글로벌 빅파마와의 오랜 파트너십은 다양한 질환 영역에서 탄탄한 포트폴리오를 구축하는 기반이 되고 있다.
연간 매출액 대비 10% 이상을 연구개발(R&D)에 꾸준히 투자하여 혁신 신약(First-in-Class) 파이프라인을 개발하고, 이를 글로벌 제약사에 기술수출(License-Out)하여 수익을 창출하는 모델을 지향한다. 실제로 2023년 노바티스에 1조 7천억 원 규모의 기술수출 성과를 거두며 R&D 역량을 증명했다.
기존의 합성의약품을 넘어 항체-약물 접합체(ADC), 세포·유전자치료제(CGT) 등 차세대 바이오의약품으로 영역을 확장하고 있으며, AI를 활용한 신약 개발 및 스마트 공장 구축 등 디지털 전환에도 적극적으로 투자하며 미래 성장 동력을 확보하고 있다.
3.산업 맥락
제약 및 바이오
국내 제약 시장은 인구 고령화와 만성질환 증가에 따라 안정적인 성장이 예상되며, 특히 전문의약품이 시장의 90% 이상을 차지하는 구조적 특징을 보인다. 2032년에는 시장 규모가 약 77조 원에 이를 것으로 전망될 만큼 성장 잠재력이 큰 시장으로 평가받는다.
정부의 제약산업 육성 정책과 기업들의 R&D 투자 확대에 힘입어 국산 신약과 바이오시밀러 개발이 활발해지고 있으며, 이는 산업 성장의 핵심 동력으로 작용한다. 다만 제네릭(복제약) 약가 인하 정책은 수익성 악화로 이어져 R&D 투자 위축을 유발할 수 있는 잠재적 리스크 요인이다.
글로벌 시장에서는 바이오의약품의 비중이 커지면서 위탁개발생산(CDMO) 시장이 동반 성장하고 있으며, 인공지능(AI)을 활용한 신약 개발 경쟁이 본격화되는 등 기술 혁신이 산업의 패러다임을 바꾸고 있다. 이에 따라 전통 제약사들도 오픈 이노베이션과 외부 기술 도입에 적극적으로 나서고 있다.
4.R&D는 배신하지 않는다
한때 제네릭 중심의 내수 기업이라는 이미지가 강했으나, 매출의 10% 이상을 연구개발에 쏟아부으며 체질 개선에 성공한 대표적인 사례로 꼽힌다. 그 결과 2023년 11월, 자체 개발한 신약 후보물질 'CKD-510'을 글로벌 빅파마 노바티스에 계약금만 1061억 원, 총액 1조 7300억 원이라는 초대형 규모로 기술수출하는 쾌거를 이루었다.
'CKD-510'은 HDAC6라는 효소를 선택적으로 억제하는 새로운 기전의 치료제로, 희귀질환인 샤르코마리투스병 치료제로 개발되다 심방세동 등 심혈관 질환으로 적응증 확장이 기대되면서 그 가치가 더욱 부각되고 있다. 현재 노바티스가 임상 2상을 진행 중이며, 결과에 따라 종근당의 기업가치는 재평가받을 것으로 보인다.
이 외에도 항암 이중항체 'CKD-702', ADC 항암 신약 'CKD-703', 경구용 비만치료제 'CKD-514' 등 다수의 혁신 신약 파이프라인을 보유하고 있으며, 경기도 시흥에 2.2조 원 규모의 R&D 단지를 조성하는 등 미래를 위한 투자를 아끼지 않고 있다.
5.조용한 리더십, 그러나 잡음은 있었다
창업주 고(故) 이종근 회장에 이어 1994년부터 2세인 이장한 회장이 그룹을 이끌고 있으며, '뚝심 경영'으로 R&D 투자를 밀어붙여 기술수출 성과를 이끌어냈다는 평가를 받는다. 그는 "재창업하는 마음으로 신약개발사로 전환해야 한다"고 강조하며 회사의 체질 개선을 주도해왔다.
그러나 2008년 창업주의 부인과 자녀들이 이장한 회장을 상대로 차명주식에 대한 소유권 소송을 제기하며 '가족의 난'이라 불리는 경영권 분쟁을 겪는 등 순탄한 길만 걸어온 것은 아니다. 당시 주가가 급등하는 등 시장의 주목을 받기도 했다.
이장한 회장 개인은 운전기사 갑질 논란, 아들의 불미스러운 사건 등으로 사회적 물의를 빚기도 했으나, 이후 경영에만 집중하며 회사를 성장시켜왔다. 최근에는 신약개발 자회사 '아첼라'를 설립하고 외부 전문가를 적극 영입하는 등 글로벌 신약 개발을 위한 조직 개편에 속도를 내고 있다.
6.최근 주주들의 기대 및 우려
[기대] 2023년 11월 글로벌 빅파마 노바티스와 체결한 1조 7,302억 원 규모의 신약 후보물질 'CKD-510' 기술수출 계약이 순항 중인 점은 주주들의 가장 큰 기대 요인이다. 2025년 5월, 노바티스가 미국 FDA에 임상 2상 시험계획(IND)을 제출하며 첫 마일스톤 약 69억 원이 유입되는 등 가시적인 성과가 나타나고 있어 향후 유입될 기술료에 대한 기대감이 크다.
[기대] 2025년 한 해 동안 국내 제약사 중 가장 많은 16건의 임상시험계획(IND)을 승인받는 등 활발한 R&D 활동을 통해 미래 성장 동력을 꾸준히 확보하고 있다는 점이 긍정적이다. 특히, 항체-약물 접합체(ADC) 항암 신약이나 당뇨병 3제 복합제 등 차세대 파이프라인에 대한 투자를 지속하며 신약 개발 전문 회사로의 체질 개선을 꾀하고 있다.
[우려] 자체 개발 신약보다 외부에서 도입한 상품의 매출 비중이 높아 수익성 개선이 더딘 점은 우려되는 부분이다. 이로 인해 매출이 증가하더라도 영업이익률은 경쟁사 대비 낮은 수준에 머물러 있으며, R&D 투자 비용이 지속적으로 증가하고 있어 단기적인 이익 감소는 불가피해 보인다.
7.실적 리뷰
2025년 4분기
2025년 4분기 연결 기준 매출은 4,251억 원, 영업이익은 246억 원을 기록하며 전년 동기 대비 각각 3.1%, 216.7% 증가했다.
시장의 예상치를 상회하는 영업이익을 달성했으나, 이는 R&D 비용 등 판매관리비의 일시적 감소 효과에 기인한 측면이 있으며, 신규 도입 품목 비중 확대로 인한 원가 부담으로 영업이익률은 5.8% 수준에 그쳤다.
기존 주력 품목인 골다공증 치료제 '프롤리아'의 약가 인하와 뇌기능개선제 '글리아티린'의 선별급여 전환 이슈에도 불구하고, 비만 치료제 '위고비' 등 대형 신규 도입 품목이 매출 성장을 견인했다.
2025년 3분기
2025년 3분기 별도 기준 매출액은 4,274억 원으로 전년 동기 대비 4.6% 증가했으나, 영업이익은 205억 원으로 18.7% 감소하며 수익성이 악화되었다.
골다공증 치료제 '프롤리아', 고지혈증 치료제 '아토젯' 등 기존 주력 품목들이 꾸준한 매출을 보였고, 위식도역류질환 치료제 '펙수클루'가 연간 800억 원대 매출을 기록할 것으로 예상되는 등 외형 성장은 지속되었다.
다만, 저마진 도입 의약품 비중이 높은 사업 구조와 지속적인 연구개발비 투자가 맞물리면서 매출 증가가 이익 개선으로 이어지지 못하는 모습을 보였다.
2025년 2분기
2025년 2분기 별도 기준 매출액은 4,296억 원으로 전년 동기 대비 11.6% 증가했으나, 영업이익은 222억 원으로 21.9% 감소했다.
노바티스로부터 수령한 'CKD-510'의 임상 2상 진입 마일스톤 약 69억 원이 매출에 반영되며 외형 성장에 기여했다.
항체-약물 접합체(ADC) 기반 항암 신약 파이프라인의 미국 임상 진입 등 연구개발비가 크게 늘어나면서 영업이익이 감소했으며, 이는 미래 성장을 위한 전략적 투자의 일환으로 평가된다.
2025년 1분기
2025년 1분기 별도 기준 매출액은 3,990억 원이었으나, 영업이익률은 3.2%에 그치며 경쟁사 대비 저조한 수익성을 기록했다.
외부 도입 상품 매출 비중이 전체의 48.1%에 달해, 전년 동기(39.9%) 대비 8.2%포인트 상승하며 원가 부담을 가중시킨 것이 수익성 악화의 주요 원인으로 지목된다.
경쟁사인 한미약품이나 대웅제약이 대부분의 매출을 자체 개발 품목으로 발생시켜 10%가 넘는 영업이익률을 기록한 것과 대조적으로, 종근당의 저마진 사업 구조 탈피가 시급한 과제임을 보여주었다.
8.주주 구성 및 지분 변동 히스토리
최근 주주 구성
(주)종근당홀딩스(26.48%) 종근당 그룹의 지주회사로, 이장한 회장 및 특수관계인이 지배하고 있으며, 자회사 지분 취득을 통해 그룹 전체에 대한 지배력을 강화하고 있다.
이장한(5.33%) 종근당의 회장이자 창업주 고(故) 이종근 회장의 장남으로, 그룹 경영을 총괄하고 있다.
국민연금공단(NPS) 국내 기관투자자로서 주요 주주 중 하나로 참여하고 있다.
고촌재단(6.71%) 창업주 이종근 회장이 설립한 공익재단으로, 꾸준히 지분을 보유하며 안정적인 우호 지분 역할을 하고 있다.
이주원(3.39%) 이장한 회장의 장남으로, 종근당 상무로 재직하며 경영 수업을 받고 있으며, 오너 3세 중 가장 많은 지분을 보유하고 있다.
지분 변동 히스토리
2026년 3월 5일, 최대주주인 종근당홀딩스가 2만 6,000주의 주식을 장내 매수하여, 홀딩스를 포함한 최대주주 및 특수관계인 합산 지분율이 39.93%로 상승했다.
2026년 1월, 종근당홀딩스는 2월부터 3월까지 종근당 주식 6만 주를 추가로 장내매수할 계획을 공시했으며, 이 계획이 완료될 경우 최대주주 측 지분율은 40%를 넘어서게 되어 경영권이 더욱 안정화될 전망이다.
2025년, 이장한 회장 부부가 보유하던 계열사 경보제약의 주식 전량을 세 자녀에게 증여하며, 3세 승계 구도의 윤곽이 드러나기 시작했다.
9.주요 계열사
경보제약
원료의약품(API)의 개발 및 생산을 주력 사업으로 하며, 미국(FDA), 유럽(EDQM) 등 선진국 규제기관으로부터 cGMP 인증을 받은 생산 시설을 보유하고 있다.
항생제, 고지혈증 치료제, 항암제 등의 원료를 전 세계 30여 개국에 수출하며 글로벌 경쟁력을 갖추고 있으며, 완제의약품 사업으로도 영역을 확장 중이다.
최근 차세대 먹거리로 항체-약물 접합체(ADC) CDMO(위탁개발생산) 사업 진출을 선언하고 2026년 완공을 목표로 아산 공장 인근에 신규 GMP 생산시설을 구축하고 있다.
종근당바이오
2001년 종근당에서 원료의약품 사업 부문이 분사하여 설립되었으며, 발효 기술을 기반으로 한 항생제, 면역억제제 등의 원료 생산에 강점을 가지고 있다.
프로바이오틱스 완제품 및 원료 사업을 활발히 전개하고 있으며, 최근에는 보툴리눔 톡신 제제 'CKDB-501A'의 국내 품목허가를 신청하는 등 미용, 웰니스 분야로 사업을 다각화하고 있다.
미생물 기반의 마이크로바이옴 기술을 활용한 신약 연구개발에도 투자하며 미래 성장 동력을 확보하기 위해 노력하고 있다.
종근당건강
프로바이오틱스 브랜드 '락토핏'의 성공을 통해 국내 건강기능식품 시장의 강자로 자리매김했으며, 한때 '1초 유산균'이라는 별칭을 얻을 정도로 높은 시장 점유율을 기록했다.
락토핏 외에도 눈 건강을 위한 '아이클리어', 오메가3 제품 등 다양한 건강기능식품 포트폴리오를 갖추고 소비자 수요에 대응하고 있다.
홈쇼핑과 온라인 채널을 중심으로 한 공격적인 마케팅 전략을 통해 브랜드 인지도를 높였으나, 최근 경쟁 심화와 시장 변화로 인해 매출 및 수익성이 다소 둔화되는 모습을 보이고 있다.
10.타사와의 관계
노바티스(Novartis) 2023년 11월, 자체 개발한 HDAC6 억제제 신약 후보물질 'CKD-510'을 계약금 8,000만 달러를 포함해 총 13억 500만 달러(약 1조 7,300억 원)에 기술수출하는 대규모 계약을 체결하며 강력한 파트너십을 구축했다. 노바티스는 CKD-510을 심혈관·신장·대사질환(CRM) 분야의 핵심 파이프라인으로 선정하고 임상 개발을 진행 중이다.
대웅제약 위식도역류질환 치료제 시장에서 자체 개발 신약인 종근당의 '펙수클루'와 대웅제약의 '펙수프라잔'이 P-CAB 계열 약물로서 치열한 경쟁을 벌이고 있다.
한미약품, 유한양행 국내 제약업계 최상위권의 매출 순위를 놓고 다투는 전통적인 경쟁 관계로, 특히 전문의약품(ETC) 시장에서 다양한 약물 포트폴리오를 통해 경쟁하고 있다. 다만, 종근당은 이들 경쟁사와 비교해 외부 도입 상품의 매출 비중이 높아 수익성 측면에서는 다소 열위에 있다는 평가를 받는다.
11.공시 및 뉴스
2026년 3월 11일 로베글리타존, 엠파글리플로진, 메트포르민 성분을 결합한 제2형 당뇨병 치료용 3제 복합제 '듀비엠폴서방정(CKD-383)'에 대한 식품의약품안전처의 국내 품목허가를 승인받았다고 공시했다.
2026년 3월 5일 최대주주인 종근당홀딩스가 자사주 26,000주를 장내 매수하여, 특수관계인을 포함한 총 지분율이 39.93%로 상승했다고 공시했다.
2026년 2월 2일 2025년 연간 실적을 발표했으며, 연결 기준 매출액은 1조 6,924억 원으로 전년 대비 6.7% 증가했으나, 연구개발비 증가 등의 영향으로 영업이익은 805억 원으로 19% 감소했다.
2025년 11월 3일 2025년 3분기 잠정 실적 공시를 통해 별도 기준 매출액 4,274억 원, 영업이익 205억 원을 기록했다고 밝혔다.
2025년 8월 1일 2025년 2분기 별도 기준 실적을 공시했으며, 매출액은 4,296억 원, 영업이익은 222억 원을 기록했다.
2025년 5월 22일 노바티스에 기술수출한 신약 후보물질 'CKD-510'의 첫 번째 마일스톤 500만 달러(약 69억 원)를 수령할 예정이라고 공시했다. 이는 노바티스가 미국 FDA에 CKD-510의 임상시험계획(IND)을 제출한 데 따른 것이다.
